[2026 세법개정안] 중소기업 졸업 시 세제지원 '점감구조' 도입…피터팬 증후군 해소

중소기업 졸업 후 3년간 완충구간 부여

벤처투자 비과세 상시화

인구감소지역 출자 세액공제 7% 상향

'2026 세법개정안' 중소·벤처기업 경쟁력 강화 인포그래픽.ⓒ재정경제부

중소기업이 중견·대기업으로 진입할 때 세제 혜택이 일시에 사라져 성장을 주저하게 만드는 '피터팬 증후군'을 해소하기 위해 유예기간 종료 후 최초 3년 동안 완충 장치로 점감된 세제 혜택을 부여하는 '성장촉진 점감구조'가 도입된다.

중소기업특별세액감면과 콘텐츠 제작비용 세액공제에 단계별 감면율이 적용되며 벤처투자 주식양도차익 비과세 제도가 상시화되고 업력 요건이 10년으로 완화된다. 또한 지방 소멸 위기에 대응해 인구감소지역 소재 벤처기업 신규 출자 시 세액공제율이 7%로 상향된다.

재정경제부는 3일 세제발전심의위원회를 열고 이러한 내용을 담은 '2026년 세제개편안'을 발표했다.

재경부에 따르면 그동안 업계는 국내 중소기업들이 중소기업 기준을 벗어나 중견기업이나 대기업으로 진입하는 순간 각종 세액감면과 지원이 일시에 사라져 성장을 주저하게 된다고 지적해 왔다.

이번 개편은 이러한 구조적 모순을 해소하기 위해 '중소기업 성장촉진을 위한 세제지원 점감구조'를 과감하게 도입했다. 중소기업 졸업 후 주어지는 5년(상장기업 7년)의 유예기간이 종료된 이후 최초 3년 동안 완충 장치로 점감된 세제 혜택을 부여해 기업들의 지속적인 성장을 장려하고 과세형평을 제고한다는 방침이다.

이번 개편은 중소기업의 성장에 따른 절벽 효과를 완화하고 기업 생태계의 활력을 높이기 위한 종합적인 제도 개선이다.

구체적으로 중소기업특별세액감면의 경우 유예기간이 끝난 후 3년 동안 중기업 감면율의 50%를 적용받도록 설계했다. 본점 소재지와 업종별로 지방 제조업 등은 기존 30% 감면에서 졸업 후 3년 동안 15%, 7.5%로 점감하고 수도권 제조업 등은 20%에서 10%, 5%로 단계적으로 조정한다.

다만 기존에 운영되던 '장수성실기업 우대감면(+10%p)' 제도는 과세형평 제고 차원에서 전격 폐지한다. 도·소매업이나 의료기관 운영업, 일반서적 출판업 등 다양한 업종별 특성에 맞춰 세밀한 점감 감면율을 적용한다.

아울러 문화 콘텐츠 산업의 핵심 동력인 영상과 웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제에도 동일한 점감구조를 적용한다. 중소기업이 중견·대기업으로 성장하더라도 유예기간 종료 후 3년 동안은 기본공제와 추가공제율에서 중소기업과 중견·대기업 사이의 완충 구간인 12.5%의 공제율을 적용받는다.

이를 통해 콘텐츠 제작 기업들이 안정적인 투자 규모를 유지하고 글로벌 경쟁력을 지속해서 키워나갈 수 있을 것으로 전망된다.

이와 함께 중소기업 설비투자자산 특례 대상에 기존 스마트공장 관련 자산 외에 산업재해 및 화재 예방 등 '안전시설' 관련 사업용 유형자산을 새롭게 추가해 기준내용연수의 50% 범위 내 가감 상각 특례를 적용하며 2028년 말까지 지원한다.

혁신 벤처 생태계의 자금줄을 굵게 만들기 위한 세제지원도 대폭 강화한다. 정부는 벤처투자회사, 창업기획자, 신기술사업금융업자 등이 벤처기업 등에 투자해 얻는 주식양도차익 법인세 비과세 제도를 상시화(2028년 일몰 폐지)하며 투자 대상 기업의 업력 요건도 기존 '설립 후 7년 이내'에서 '10년 이내'로 대폭 완화한다.

거주자가 벤처투자조합 등을 통해 벤처기업 주식을 양도할 때 적용받는 소득세 비과세 특례 역시 상시화하고 주식 취득 방법과 업력 요건도 정비한다.

이 밖에도 지방 소멸 위기에 대응하고 지역 벤처 투자를 촉진하기 위한 특례도 신설했다. 내국법인이 벤처기업 등에 신규 출자할 때 취득가액의 5%를 세액공제하던 제도를 개편해 수도권 인구감소관심지역을 제외한 인구감소(관심)지역 소재 벤처기업 등에 직접 신규 출자하는 경우에는 세액공제율을 7%로 상향 조정하고 업력 요건도 10년으로 확대했다.

정부 관계자는 "이번 개편이 미래성장동력 확충과 중소·벤처기업의 탄탄한 성장을 두 축으로 해 우리 경제의 잠재성장률을 반등시키고 지속 가능한 경제 구조를 다지는 강력한 이정표가 될 것"이라고 밝혔다.