비영리법인도 세금 낼까?…세금계산서의 오해

[재테크]잘못된 인식으로 뜻밖에 세금추징 많아

비영리법인 법인세, 부가가치세, 이자소득세 내야 해

임현수 한국납세자연맹 사무처장

비영리법인은 대부분 세금을 내지 않는 것으로 인식하는 경우가 많다. 또 실무담당자도 전문성이 부족해 뜻밖에 세금추징이 빈번하게 발생한다.

비영리법인은 학술(學術), 종교(宗敎), 자선(慈善) 등 영리를 목적으로 하는 사업이 아니며(민법 제32조), 비영리사단법인과 비영리재단법인이 있다.

영리란 사업의 이윤을 추구하고 그 이익을 구성원에게 분배하여 경제적 이익을 도모하는 것을 말한다. 따라서 이윤을 구성원에게 분배하지 않는 한 비영리사업의 목적을 달성하기 위하여 본질에 반하지 않는 정도의 수익행위를 하는 것은 허용된다.

사용료를 받는 시설의 임대, 입장료를 징수하는 전시회 개최 등이 대표적인 예다. 수익행위를 하였을 때는 그 수익은 반드시 법인의 사업목적 수행에 충당돼야 한다. 어떤 형태로든지 구성원에게 분배돼서는 안 된다.

비영리법인에 대해서는 민법이 규율하고 있다. 민법에서는 비영리법인의 설립에 대하여 허가주의를 취하고 있다. 학교법인·사회복지법인·의료법인·종교법인 등에 관하여는 각각 사립학교법·사회복지사업법·의료법·향교재산법 등이 규율하고 있고, 기타의 특별법에서 규율하는 특수비영리법인이 많이 있다. 변호사법에 의한 변호사회, 건축사법에 의한 건축사회, 상공회의소법에 의한 상공회의소 등이 그 예이다.

이들에 대해서는 당해 법률에 따라 허가주의, 인가주의, 강제주의 등이 취하여진다. 비영리법인에 대하여는 조세의 감면, 경비의 보조 등의 세법(稅法), 기타 행정법상 특별한 보호와 더불어 보고, 사무의 검사, 정관변경 또는 임원개선의 명령 등의 감독이 이루어진다.(민법 제37조, 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제14·15조, 의료법 제29·63조 등)

비영리법인이 내야 할 세금은 법인세, 부가가치세, 이자소득세 등이다. 이 중 법인세는 수익사업에 관련된 부분만 내면 된다. 수익사업이란 정관상 고유목적사업과 관련된 부분을 제외한 나머지 모든 부분이다. 법인세율은 과세표준 2억원 이하의 경우 10%, 2억원 초과 200억 이하 20% 등 주식회사의 법인세 산출방식과 같다.

여기서 중요한 것은 비영리법인은 수익사업과 비수익사업을 겸하고 있는 것이 대부분인데 자산, 부채 및 손익은 구분경리의 대상이 되는 수익사업과 고유목적사업별로 각각 구분해 장부에 기장(book-keeping)해야 한다.

수익사업과 고유목적사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. 공통되는 비용의 경우 수익사업과 고유목적사업(비수익사업)의 매출액에 비례해 나누면 된다.

부가가치세 역시 수익사업에 관련된 부분만 내면 된다. 고유목적사업(비수익사업)의 경우 부가가치세가 면제되므로 수취한 세금계산서가 있으면 매출세액에서 공제되지 않는다.

수익사업에 발생하는 세금계산서는 매출세액에서 매입세액을 차감하여 차액만 내면 된다. 만약 수익사업과 고유목적사업(비수익사업) 공통으로 발생되는 세금계산서가 있으면 아래와 같이 나눠 계산한다.

고유목적사업(비수익사업)관련 매입세액 계산법 ⓒ데일리안

여기서 주의할 점은 전자세금계산서 발급의무다. 전자세금계산서는 사업규모와 관계없이 모든 법인사업자는 의무적으로 전자세금계산서를 발급해야 한다.

전자세금계산서를 발급하면 부가가치세 신고서(합계표) 작성 시 거래처별 명세표 작성의무 면제, 세금계산서 보관의무 면제를 받을 수 있다.

반면 전자세금계산서를 발급하지 않으면 공급가액의 2%, 지연발급 1%, 미전송 0.3%(법인 1%), 지연전송 0.1%(법인 0.5%)를 물게 된다. 전자세금계산서 발급방법 등 자세한 사항은 e세로 홈페이지(www.esero.go.kr)에서 확인이 가능하다.

세금계산서는 발급하면 그 의무가 종결되는 것이 아니나 세금계산서합계표를 제출해야 한다. 즉. 세금계산서를 받은 비영리단체는 부가가치세 납세의무가 없는 경우에도 매입처별 세금계산서합계표를 당해 과세기간 종료일로부터 25일 이내에 사업장 담당 세무서장에게 내야한다.

부가가치세가 면제되는 사업을 하는 법인은 재화나 용역을 공급받고 세금계산서를 발급받은 경우 매년 1월 말까지 매입처별 세금계산서합계표를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

매입처별 세금계산서 합계표 제출의무를 이행하지 않는 경우 그 공급가액의 1%(제출기한 경과 후 1월 이내에 제출하는 경우에는 0.5%)의 가산세가 물린다. 다만, 비수익사업과 관련된 비영리법인의 경우에는 합계표를 제출하지 않아도 가산세가 부과되지 않는다.

또한, 세금계산서가 아닌 계산서합계표 제출의무도 있다. 계산서는 공급가액만 표시된 것을 의미하므로 영세율 세금계산서에 공급가액만 있고, 세액에는 ‘0’으로 표시 돼 있는 것과 다르다.

이처럼 비영리법인의 경우 특수한 것이 많으므로 반드시 세무전문가에 의뢰하여 관리를 받는 것이 좋다. 특히 비영리 공익법인이 자산을 출연하는 경우 그 내용이 복잡하여 전문가와 상의하지 않으면 세금추징(증여세 등)이 많이 발생할 수 있음을 유념해야 한다.

글/임현수 한국납세자연맹 사무처장